光绪二十六年(1900年)七月二十一日(8月15日),八国联军侵占北京。慈禧太后和光绪帝经颐和园出逃。七月二十五日(8月19日),俄国军队首先侵占颐和园。以后,日、英、意军又相继占据。颐和园在被占期间,所存珍宝被侵略者抢掠一空,不少建筑再遭焚毁。
1900年园内建筑及文物遭八国联军破坏,1902年修复。颐和园尽管大体上全面恢复了清漪园的景观,但很多质量上有所下降。许多高层建筑由于经费的关系被迫减矮,尺度也有所缩小。如文昌阁城楼从三层减为两层,乐寿堂从重檐改为单檐,也有加高的建筑,如大戏楼。苏州街被焚毁后再也没有恢复。由于慈禧偏爱苏式彩画,许多房屋亭廊的彩画也由和玺彩画变为苏式彩画,在细节上改变了清漪园的原貌。光绪二十六年(公元1900年),颐和园又遭八国联军洗劫,翌年,慈禧从西安回到北京后,再次动用巨款修复此园。